보훈처는 기념곡 지정 여부와 관련, "임을위한행진곡을 기념곡으로 지정할 경우 '국가 기념곡 제1호'라는 상징성 때문에 또 다른 논란이 발생할 수 있다"고 설명했다. 5대 국경일, 46개 정부기념일, 30개 개별 법률에 규정된 기념일에 정부에서 기념곡을 지정한 전례가 없고 '애국가'도 국가 기념곡으로 지정되지 않은 상황이라는 것이다.

제창 여부에 대해선 "합창단이 합창하고, 부르고 싶은 사람은 따라 부르고, 그렇지 않은 사람은 부르지 않을 수 있도록 참석자 자율 의사를 존중하는 것이 논란을 최소화하는 최선의 방법이라고 판단하고 있다"면서 "임을위한행진곡의 찬반 의견이 첨예하게 나뉘고 있는 상황에서 참여자에게 의무적으로 부르게 하는 제창 방식을 강요, 또 다른 갈등을 유발해서는 안 된다는 것이 보훈·안보단체와 관련 전문가들의 의견"이라고 설명했다.

아울러 "노래 제창은 정부기념식에서 4·19 기념식은 '4·19의 노래' 등 기념일과 동일한 제목의 노래는 제창하고 기념일 제목과 다른 제목의 노래는 합창단이 합창해 원하는 사람은 부르게 하는 것이 정부의 관례"라고 덧붙였다.